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mriCroN(医学影像分析软件)

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应用指数：3 分

类型：电脑应用性质：国外软件版本：v4.0 免费版大小：14.3 MB更新：2025-03-11语言：英文等级：平台：WinXP, Win7, Win8, Win10, WinAll官网：暂无

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　　mriCroN提供医学图像分析功能，将NIfTI类型的图像添加到软件就可以执行分析，可以在软件查看CT图像，可以在软件查看MRI图像，可以查看DR图像，只要图像是NIfTI类型就可以通过这款软件加载，软件也提供了一个格式转换器，可以将其他医学图像快速转换为hdr、nii类型的图像，转换完毕就可以加载到这款软件分析，让用户可以在电脑软件上分析病变症状；mriCroN界面功能很多，全部菜单界面都是英文，如果你看懂英文就可以使用这款软件分析图像。

软件功能

　　1、支持格式转换：SPM2(3D Anlyze hdr/img)、SPM5(3D NIfTI hdr/img)

　　2、支持其他工具：Render、Multislice、4D Traces、Histogram、Information

　　3、Peristimus图形分析功能，可以在软件分析核磁共振的数据，可以生成脑部刺激图

　　4、支持病变数据分析功能，通过分析医学图像就可以自动生成对应的数据内容

　　5、MRIcron 提供了绘制大脑区域的简单工具，支持绘制线、擦除线、绘制粗线、擦除粗线

　　6、支持将DICOM转换为SPM8 (3D NIfTI nii)、4D NIfTI hdr/img

　　7、将将图像转换为FSL (4D NIfTI nii)、Compressed FSL (4D NIfTI nii)

　　8、支持将分析的图像另存为NIfTI、另存为位图

软件特色

　　1、使用VOI屏蔽图像：删除带有VOI的区域、使用VOI保护区域

　　2、叠加比较：交叉口[VOl和叠加]、工会[VOI或覆盖]、遮罩[VOI但不覆盖]

　　3、统计数字：创建重叠图像、减法图、批次描述、批量探测图、批量集群问题图

　　4、转换：ROI-> VOI、VOI->NII、NII->VOI、VOI -> Text

　　5、轻扫3D：Left、Right、Posterior、Anterior、Inferior、Superior

　　6、高级：阶段到Rad/s、大脑提取、裁剪边缘、脑面罩、创建SPM5掩码、LR翻转

　　7、其他内容：应用群集阈值、导出为RGB图像、重新切片图像、调整图像，使VOI强度为零

使用方法

　　1、启动mriCroN软件，可以加载hdr、nii类型的图像到软件分析

　　2、支持打开最近的、打开模板、关闭图片、另存为NIfTI、另存为位图

　　3、覆盖功能，支持添加覆盖、闭合覆盖层、背景透明度、其他覆盖层的透明度

　　4、画

　　打开VOI

　　保存VOI

　　关闭VOI

　　VOI颜色

　　强度过滤器

　　流畅的语音

　　使用VOI屏蔽图像

　　叠加比较

　　统计数字

　　5、视图功能

　　显示

　　3D平滑背景

　　3D平滑覆盖

　　2D全部平滑

　　翻转L/R

　　yoke

　　十字花饰

　　MNI坐标

　　地标

　　6、设置界面

　　图像显示

　　加载时重新定位图像

　　512：最大维度[体素]

　　12：渲染线程

　　5：显示小数位

　　单行中的所有切片

　　利息提取量

　　显示绘图菜单和工具

　　细笔

　　点击填充图标时过滤所有封闭区域

　　70：厚拉伸的平板压力，%

　　30：厚擦除的平板电脑压力，%

　　7、格式转换功能，可以直接将dicom图像添加到软件转换为nifti格式

官方教程

　　指定设计

　　让我们用我们将要分析的数据集来熟悉自己。

　　1、启动 NPM 并打开设计窗口（VLSM/设计...）。将出现一个 speadsheet。选择 File/Open 并查看文件 continuous.val。每行显示每个患者的表现，例如患者 1 确定了 2 个项目，而患者 2 检测到 44 个项目。请注意，使用该软件较高的分数反映得更好性能。如果您有二项数据（其中 performance fall into 两个离散分类），您应该表示存在 Deficit 替换为 0，性能正常，替换为 1。请注意，文件名在左列中列出，性能在右列中列出始终对应于同一患者。

　　2、我们需要首先描述病变图并命名行为绩效衡量标准。选择 View/Design 以显示描述窗。

　　1.预测因子：显示行为度量的数量 - 这里我们只检查字母取消性能。

　　2.预测变量名称：对于每个预测变量，插入一个易于记忆的名称，例如，“cancel”用于我们的字母查找任务。

　　3.您可以通过以下方式选择病变图的文件名按“Select Images”（选择图像）按钮，从中选择病变图所有参与者。您应该同时选择所有图像，并且所有图像都应该放在一个文件夹中（例如，您的病变图可能是 C：dataset1.voi、C：dataset2.voi 等）。病变图像可以是 MRIcron VOI、NIfTI .nii、压缩的 NIfTI .nii.gz或分析（.hdr/.img）格式。如果您确实选择了图像，请确保文件名与患者的表现相匹配，如步骤 1 中所述。

　　4.您还可以设置先验的最小病变密度阈值。为例如，在分析 22 个人时将值设置为 10% 意味着将仅计算损坏超过 2 个的体素的统计数据人。此阈值的较大数字可能会增加您的统计数据 power，因为您只会计算通常受伤。但是，较大的值将无法检测到罕见的损坏是赤字的可靠预测指标的区域。请注意，此值基于体素中病变的总发生率，而不管行为表现。

　　计算结果

　　接下来，我们计算统计结果。您可以进行一些统计数据，方法是在 Draw/Statistics 菜单中选择核磁共振。但是，这里我们描述了使用 NPM 在 MRIcron 中尚不可用 - 具体来说，NPM 可以执行排列阈值和 Brunner 和 Munzel 检验。自进行这些统计，您需要下载并安装 npm.exe - 这仅适用于 Windows作系统。

　　1、首先转到 'Options' 菜单并将排列设置为 None。排列阈值可能很有用，但至少需要 1000 比正常的 False-Discovery Rate 校正阈值长的时间，并且通常不太敏感。因此，为了让您第一眼看到您的 data 中，请关闭此功能。

　　2、用于分析连续数据：

　　1.转到“选项”菜单并单击“测试” - 确保选中“Brunner Munzel”并取消选中 t 检验。我们的数据不是正态分布的，因此我们将使用非参数的测试（使用排列的 Brunner Munzel 排名顺序统计量）。

　　2.单击 VLSM/BinaryImagesContinuousGroups 命令。选择 continuous.val 文件。

　　3、对于分析二项式数据：

　　1.单击 VLSM/BinaryImagesBinaryGroups 命令。选择 binomial.val 文件。这将使用 Liebermeister 度量（一个更比卡方检验或 Fisher 精确检验敏感的二项式检验，参见 Seneta 和 Phipps，2001 年;Phipps，2003 年）。

　　4、NPM 现在将计算请求的测试。它将创建所有患者的重叠图像（例如 sum.nii.gz）和统计数据 map（BM.nii.gz 表示连续数据，L.nii.gz 表示二项式数据）。

　　查看结果

　　我们可以打开生成的统计图并放置它们在解剖扫描之上。如果您的病变图与立体定向 MNI 空间，您可以在其中一个标准模板（File/OpenTemplates/ch2）。这是一个快速指南：

　　1、启动 MRIcron 并选择 File/OpenTemplates/ch2bet 作为我们的背景图像

　　2、选择 Overlay/Add 并选择在上一步中创建的统计地图（例如 C：datasetbinL.nii.gz）。

　　3、当 MRIcron 检测到统计映射时，它会计算 p 值以确定错误发现率（FDR） threshold - 例如，您的数据中存在多少稳健信号。 MRIcron 显示 Z 分数的直方图。示例中的注释下面，大多数数据都有正 Z 分数，表明稳健信号（如果我们的数据只是噪声，我们应该会看到一个钟形的均值为 0 的分布，而平均 Z 分数约为 2）。

　　4、接下来，MRIcron 显示叠加层。请注意筛选软件报告临界值：P05/P01 值对应于未校正的 P<0.05 和 P<0.01 值，这些值非常 liberal （这些测试会发出许多误报，例如，这里我们有进行了 16082 次测试，因此 p05 应该会导致许多假阳性）。 fwe05 和 fwe01 值对应于 Bonferroni 校正的值：此测试非常保守，您经常无法检测真实效果。FDR05 和 FDR01 结果反映了 False 发现率 - 例如 FDR05 应显示大约 20 次实际激活每一个误报。请注意，当信号非常少或没有信号时，罗斯福和邦费罗尼一样保守，但它能适应实际情况 signal 的 intent 中。请注意，您可以选择图像阈值和 cutoff 进行叠加。请注意，默认情况下，我的软件加载了阈值从 FDR05 到 FDR01 的统计图，除非信号不足，在这种情况下，它使用未校正的 0.05...0.01 值。另请注意，当前的叠加层是设置为以单色红色配色方案显示。